'Директория git' это директория в которой хранится вся история Git и мета-информация вашего проекта - включая все объекты (коммиты, деревья, блобы, таги), все указатели на различные ветви и многое другое.
На каждый проект имеется только одна директория Git (в отличие SVN или CVS, где она в каждой поддиректории), и это директория (по умолчанию но не обязадельно) '.git' в корне вашего проекта. Если вы посмотрите на содержимое этой директории то увидите все ваши важные файлы:
$>tree -L 1
.
|-- HEAD # указатель на вашу активную ветку
|-- config # ваши персональные настройки
|-- description # описание проекта
|-- hooks/ # pre/post action hooks (скрипты (далее хуки) которые могут вызываться git командами)
|-- index # индексный файл (смотрите в след.главе)
|-- logs/ # история веток проекта (где они располагались)
|-- objects/ # ваши объекты (коммиты, деревья, блобы, таги)
`-- refs/ # указатели на ваши ветки разработки
(Также там могут быть и другие файлы/директории, но они не так важны в данный момент)
'Рабочая директория' Git это директория которая содержит в себе то с чем вы работаете или то что вы извлекли из истории проекта в данный момент. Файлы в этой директории часто удаляются или изменяются Git-ом когда вы переключаетесь между ветками - не переживайте это нормально. Вся история вашего проекта хранится в директории Git; рабочая директория это просто временное место где вы можете модифицировать файлы, а затем выполнить коммит.
Замечания: Коммит это фиксация изменений в истории проекта